Vedecké zameranie

Oddelenie biológie

Vedecké zameranie garantov študijného programu Aplikovaná biológia na Oddelení biológie


prof. RNDr. Juraj Krajčovič, CSc.

Výskumné zameranie:

  • Molekulárna biológia a evolúcia fototrofných mikroorganizmov
  • Genetická výbava zástupcov taxónu Euglenozoa (genómy, transkriptómy, proteómy)
  • Regulácia expresie génov u euglenoidných bičíkovcov
  • Kalpaíny – cysteínové proteázy u euglenoidných bičíkovcov
  • Metabolizmus sacharidov u fototrofných mikroorganizmov
  • Štúdium evolučnej tranzície od jednobunkovosti k mnohobunkovosti u euglén (vplyv veku kultúry, zloženia médií, organických rozpúšťadiel)
  • Medzibunková komunikácia medzi fototrofnými mikroorganizmami (quorum senzing)
  • Otázka sexu a ploídie u prvokov taxónu Euglenozoa
  • Plastidy, ich nadobúdanie a strácanie, funkcie, transformácia
  • Fototrofné mikroorganizmy, ich biomedicínsky a environmentálny význam a ich biotechnologické využitie
  • Štúdium fototrofných mikroorganizmov z polárnych oblastí
  • Bičíkovec Euglena gracilis ako biosorbent

Nad rámec hlavného výskumného zamerania ešte aj:

  • pôvod a evolúcia eukaryotických buniek
  • štúdium zriedkavých genetických ochorení človeka
  • štúdium ľudského mitogénomu z recentného i archaického materiálu

Členovia skupiny:

  • prof. RNDr. Juraj Krajčovič, CSc.
  • RNDr. Lenka Hutárová, PhD.
  • Mgr. Dominika Vešelényiová
  • RNDr. Zuzana Gerši, PhD.

Doktorandi:

  • Mgr. Andrej Jedlička
  • Mgr. Martina Kešeláková
  • Mgr. Renata Kozáčiková

Spolupráca s členmi iných skupín katedry, resp. fakulty:

  • doc. RNDr. Ľubica Uváčková, PhD. – proteóm euglén, formovanie mnohobunkových konglomerátov euglén (KBio)
  • Ing. Eva Ürgeová, PhD. – štúdium vplyvu organických rozpúšťadiel na tvar, agregáciu buniek a pohyblivosť euglén (KBio)
  • prof. RNDr. Alžbeta Marček Chorvátová, DrSc. – endogénne fluorofory euglén, sledovanie zmien pohybových trajektórií euglén v závislosti od osvetlenie a fotoreceptorov
  • doc. RNDr. Miroslav Horník, PhD. – bičíkovec Euglena gracilis ako biosorbent (KER)

Recentná spolupráca s pracovnými skupinami aj iného výskumného zamerania:

  • MAGI Euregio, Nonprofit Genetic Testing Laboratory, Bolzano, Italy – štúdium zriedkavých genetických ochorení človeka
  • GHC GENETICS SK, Bratislava – štúdium ľudského mitogénomu z recentného i archaického materiálu

doc. RNDr. Milan Seman, CSc.

Výskumné zameranie:

  • Mikrobiálny profil povrchových vôd v povodiach Dunaja a Bodrogu
  • Izolácia a identifikácia emergentných patogénov taxónu Vibrionaceae
  • Fenotypový a genotypový profil vibrií izolovaných z povrchových vôd v povodiach Dunaja a Bodrogu
  • Fenotypový a genotypový profil aeromonád  izolovaných z povrchových vôd v povodiach Dunaja a Bodrogu
  • Mikrobiálny profil krasových vôd vybraných jaskýň Slovenského krasu
  • Izolácia a identifikácia psychrofilnej/psychrotolerantnej  mikrobioty jaskynných ekosystémov Slovenska
  • Taxonomická štruktúra nefermentujúcich psychrofilných/psychrotolerantných proteobaktérií jaskynných ekosystémov Slovenska
  • Štúdium fototrofných mikroorganizmov jaskynných ekosystémov Slovenska

Členovia skupiny:

  • doc. RNDr. Milan Seman, CSc.
  • RNDr. Lenka Hutárová, PhD.

Doktorandi:

  • Mgr. Alexandra Vozárová

Recentná spolupráca s mimofakultnými pracoviskami:

  • Katedra hydrogeológie, Prírodovedecká fakulta, Univerzita Komenského, Bratislava
  • Národné referenčné centrum pre Vibrionaceae, Regionálny úrad verejného zdravotníctva, Komárno
  • Správa slovenských jaskýň, Liptovský Mikuláš

doc. Ing. Miroslav Glasa, DrSc.

Výskumné zameranie:

  • Diagnostika vírusových patogénov rastlín imunochemickými a molekulárnymi metódami
  • Molekulárna charakterizácia a variabilita genómu vírusových patogénov rastlín
  • Experimentálna a vektorom sprostredkovaná inokulácia rastlín
  • Analýza virómu rastlín pomocou sekvenovania novej generácie
  • Štúdium evolučných faktorov formujúcich diverzitu vírusových populácií
  • Optimalizácia molekulárnych detekčných techník
  • Epidemiológia vírusových nákaz rastlín, štúdium faktorov vplývajúcich na dynamiku patosystému
  • Vírusový archív

Členovia skupiny:

  • Ing. Miroslav Glasa, DrSc.
  • RNDr. Michaela Mrkvová, PhD.

Spolupráca s členmi iných skupín fakulty:

  • doc. Mgr. Daniel Mihálik, PhD. (OBt)
  • prof. RNDr. Ján Kraic, PhD. (OBt)
  • RNDr. Šarlota Kaňuková (OBt)

Doktorandi:

  • Mgr. Peter Alexin
  • Mgr. Jana Kemenczeiová

Recentná spolupráca s mimofakultnými pracoviskami:

  • Virologický ústav, Biomedicínske centrum SAV, Bratislava
  • Výskumný ústav rastlinnej výroby, NPPC, Piešťany
  • Katedra mikrobiológie a virológie, Prírodovedecká fakulta, Univerzita Komenského, Bratislava
  • Ústredný kontrolný a skúšobný ústav poľnohospodársky, Bratislava
  • Plantex, s.r.o. Veselé pri Piešťanoch

Recentná spolupráca s pracoviskami v zahraničí:

  • INRAE, University Bordeaux, UMR BFP, Villenave d’Ornon, France
  • Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias, Center of Plant Protection and Biotechnology, Moncada, Spain
  • Department of Biochemistry, Molecular Biology, Entomology and Plant Pathology, Mississippi State University, Mississippi State, U.S.A.
  • Department of Computing and Control Engineering, Faculty of Chemical Engineering, University of Chemistry and Technology in Prague, Czech Republic
  • DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Neustadt an der Weinstrasse, Germany

doc. RNDr. Ľubica Uváčková, PhD.

Výskumné zameranie: 

  • Rastlinná proteomika 
  • Androgenéza in vitro 
  • Somatická embryogenéza in vitro 
  • Euglena gracilis ako modelový objekt pre proteomické analýzy 
  • Identifikácia proteínov a bioinformatika 

Recentná spolupráca s mimofakultnými pracoviskami: 

  • Centrum biológie rastlín a biodiverzity SAV, Ústav genetiky a biotechnológie rastlín, Nitra 
  • Virologický ústav, Biomedicínske centrum SAV, Bratislava 
  • Výskumný ústav rastlinnej výroby, NPPC, Piešťany 

prof. Ing. Štefan Janeček, DrSc.

Výskumné zameranie:

  • Laboratórium evolúcie proteínov – pracovisko spájajúce Katedru biológie FPV UCM v Trnave a Ústav molekulárnej biológie SAV v Bratislave –http://imb.savba.sk/~janecek/
  • základný výskum v oblasti bioinformatiky proteínov zameraný na teoretické štúdium proteínov na molekulárnej úrovni
  • porovnávanie primárnych a terciárnych štruktúr proteínov a vyvodzovanie vzájomných vzťahov medzi ich sekvenciami, štruktúrami a evolúciou, ako aj funkciou, špecificitou a stabilitou
  • v centre pozornosti sú amylolytické enzýmy – približne 30 rôznych enzýmových špecificít – klasifikované v databáze CAZy (Carbohydrate-Active enZymes) do alfa-amylázových rodín GH13, GH57, GH119 a GH126
  • rovnako intenzívny záujem aj o škrob-viažuce domény z tzv. CAZy CBM rodín
  • v spolupráci s experimentálnymi pracoviskami aj proteínové inžinierstvo a dizajn študovaných enzýmov

Členovia skupiny:

  • Prof. Ing. Štefan Janeček, DrSc.

Doktorandi:

  • Mgr. Michaela Schorschová

Editorské aktivity:

Organizátorská práca:

Založenie tradície a organizovanie série medzinárodných sympózií o amylolytických enzýmoch – ALAMYs – ktoré sa od roku 2001 konajú tradične v trojročných intervaloch na Slovensku na Smolenickom zámku.

Možnosť pridať sa k tímu:

Budúci študent/študentka so záujmom o bakalársky, magisterský a/alebo doktorandský projekt…? Netreba váhať, treba písať na: Stefan.Janecek@ucm.sk. Stačí pár riadkov – vyjadriť jasný záujem o in silico typ výskumnej práce s proteínmi a hlavne motiváciu! Byť pripravený/pripravená: (i) veľa študovať; (ii) neúnavne pracovať; (iii) mať zdravo ambiciózne vedecké ciele; a (iv) učiť sa úprimnej pokore. Spolu vytvárame žičlivú a priateľskú atmosféru v tíme.

Medzinárodná spolupráca:

  • Prof. Birte Svensson, Enzyme and Protein Chemistry, Department of Systems Biology, Technical University of Denmark, Kgs. Lyngby, Denmark
  • Prof. Marc J.E.C. van der Maarel, Department of Aquatic Biotechnology and Bioproduct Engineering, University of Groningen, Groningen, The Netherlands
  • Prof. Bharat K.C. Patel, School of Earth, Environmental & Biological Sciences, Queensland University of Technology, Brisbane, Queensland, Australia
  • Dr. E. Ann MacGregor, 2 Nicklaus Green, Livingston, West Lothian, United Kingdom
  • Dr. Jean-Luc Da Lage, Laboratoire Évolution, Génomes Comportement, Écologie, CNRS, IRD, Université Paris-Sud, Université Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette, France
  • Dr. Paweł Filipkowski, Department of Food Chemistry, Technology and Biotechnology, Faculty of Chemistry, Gdansk University of Technology, Gdansk, Poland
  • Dr. Natasa Bozic, Institute of Chemistry, Technology and Metallurgy, University of Belgrade, Belgrade, Serbia
  • Dr. Dessy Natalia, Biochemistry Research Division, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Institut Teknologi Bandung, Bandung, Indonesia
en_USEnglish