Vedecké zameranie garantov študijného programu Aplikovaná biológia na Oddelení biológie

prof. RNDr. Juraj Krajčovič, CSc.

Výskumné zameranie:

• Molekulárna biológia a evolúcia fototrofných mikroorganizmov
• Genetická výbava zástupcov taxónu Euglenozoa (genómy, transkriptómy, proteómy)
• Regulácia expresie génov u euglenoidných bičíkovcov
• Kalpaíny – cysteínové proteázy u euglenoidných bičíkovcov
• Metabolizmus sacharidov u fototrofných mikroorganizmov
• Štúdium evolučnej tranzície od jednobunkovosti k mnohobunkovosti u euglén (vplyv veku kultúry, zloženia médií, organických rozpúšťadiel)
• Medzibunková komunikácia medzi fototrofnými mikroorganizmami (quorum senzing)
• Otázka sexu a ploídie u prvokov taxónu Euglenozoa
• Plastidy, ich nadobúdanie a strácanie, funkcie, transformácia
• Fototrofné mikroorganizmy, ich biomedicínsky a environmentálny význam a ich biotechnologické využitie
• Štúdium fototrofných mikroorganizmov z polárnych oblastí
• Bičíkovec Euglena gracilis ako biosorbent

Nad rámec hlavného výskumného zamerania ešte aj:

• pôvod a evolúcia eukaryotických buniek
• štúdium zriedkavých genetických ochorení človeka
• štúdium ľudského mitogénomu z recentného i archaického materiálu

Členovia skupiny:

• prof. RNDr. Juraj Krajčovič, CSc.
• RNDr. Lenka Hutárová, PhD.
• Mgr. Dominika Vešelényiová, PhD.
• RNDr. Zuzana Gerši, PhD.

Doktorandi:

• Mgr. Andrej Jedlička
• Mgr. Martina Kešeláková
• Mgr. Renata Kozáčiková

Spolupráca s členmi iných skupín katedry, resp. fakulty:

• doc. RNDr. Ľubica Uváčková, PhD. – proteóm euglén, formovanie mnohobunkových konglomerátov euglén (KBio)
• Ing. Eva Ürgeová, PhD. – štúdium vplyvu organických rozpúšťadiel na tvar, agregáciu buniek a pohyblivosť euglén (KBio)
• prof. RNDr. Alžbeta Marček Chorvátová, DrSc. – endogénne fluorofory euglén, sledovanie zmien pohybových trajektórií euglén v závislosti od osvetlenie a fotoreceptorov
• doc. RNDr. Miroslav Horník, PhD. – bičíkovec Euglena gracilis ako biosorbent (KER)

Recentná spolupráca s pracovnými skupinami aj iného výskumného zamerania:

• MAGI Euregio, Nonprofit Genetic Testing Laboratory, Bolzano, Italy – štúdium zriedkavých genetických ochorení človeka
• GHC GENETICS SK, Bratislava – štúdium ľudského mitogénomu z recentného i archaického materiálu

RNDr. Zuzana Gerši, PhD., univ. doc.

Výskumné zameranie:

• Štúdium expresie génov u rastlín v reakcii na environmentálne stresové faktory
• Proteomická štúdia obranných proteínov rastlín (PR-proteíny, dehydríny a iné) v kontexte abiotického stresu
• Biochemické analýzy sekundárnych metabolitov a antioxidantov rastlín
• Regulácia expresie génov u euglenoidných bičíkovcov

Spolupráca s členmi iných skupín fakulty:

• doc. Ing. Jana Moravčíková, PhD.  (OBt)
• doc. RNDr. Miroslav Horník, PhD. (OEv)

Recentná spolupráca s mimofakultnými pracoviskami:

• Centrum biológie rastlín a biodiverzity SAV, Ústav genetiky a biotechnológie rastlín, Nitra 
• Výskumný ústav rastlinnej výroby, NPPC, Piešťany

Recentná spolupráca s pracoviskami v zahraničí:

• The Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences
• Department of Stress Biology, The Franciszek Górski Instritute of Plant Physiology, Polisch academy of Sciences

doc. Ing. Miroslav Glasa, DrSc.

Výskumné zameranie:

• Diagnostika vírusových patogénov rastlín imunochemickými a molekulárnymi metódami
• Molekulárna charakterizácia a variabilita genómu vírusových patogénov rastlín
• Experimentálna a vektorom sprostredkovaná inokulácia rastlín
• Analýza virómu rastlín pomocou sekvenovania novej generácie
• Štúdium evolučných faktorov formujúcich diverzitu vírusových populácií
• Optimalizácia molekulárnych detekčných techník
• Epidemiológia vírusových nákaz rastlín, štúdium faktorov vplývajúcich na dynamiku patosystému
• Vírusový archív

Členovia skupiny:

• Ing. Miroslav Glasa, DrSc.
• RNDr. Michaela Mrkvová, PhD.
• Mgr. Peter Alaxin, PhD.

Spolupráca s členmi iných skupín fakulty:

• doc. Mgr. Daniel Mihálik, PhD. (OBt)
• prof. RNDr. Ján Kraic, PhD. (OBt)
• RNDr. Šarlota Kaňuková, PhD. (OBt)

Doktorandi:

• Mgr. Jana Kemenczeiová

Recentná spolupráca s mimofakultnými pracoviskami:

• Virologický ústav, Biomedicínske centrum SAV, Bratislava
• Výskumný ústav rastlinnej výroby, NPPC, Piešťany
• Katedra mikrobiológie a virológie, Prírodovedecká fakulta, Univerzita Komenského, Bratislava
• Ústredný kontrolný a skúšobný ústav poľnohospodársky, Bratislava
• Plantex, s.r.o. Veselé pri Piešťanoch

Recentná spolupráca s pracoviskami v zahraničí:

• INRAE, University Bordeaux, UMR BFP, Villenave d’Ornon, France
• Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias, Center of Plant Protection and Biotechnology, Moncada, Spain
• Department of Biochemistry, Molecular Biology, Entomology and Plant Pathology, Mississippi State University, Mississippi State, U.S.A.
• Department of Computing and Control Engineering, Faculty of Chemical Engineering, University of Chemistry and Technology in Prague, Czech Republic
• DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Neustadt an der Weinstrasse, Germany

doc. RNDr. Ľubica Uváčková, PhD.

Výskumné zameranie: 

• Rastlinná proteomika 
• Androgenéza in vitro 
• Somatická embryogenéza in vitro 
• Euglena gracilis ako modelový objekt pre proteomické analýzy 
• Identifikácia proteínov a bioinformatika 

Recentná spolupráca s mimofakultnými pracoviskami: 

• Centrum biológie rastlín a biodiverzity SAV, Ústav genetiky a biotechnológie rastlín, Nitra 
• Virologický ústav, Biomedicínske centrum SAV, Bratislava 
• Výskumný ústav rastlinnej výroby, NPPC, Piešťany 

prof. Ing. Štefan Janeček, DrSc.

Výskumné zameranie:

• Laboratórium evolúcie proteínov – pracovisko spájajúce Katedru biológie FPV UCM v Trnave a Ústav molekulárnej biológie SAV v Bratislave –http://imb.savba.sk/~janecek/
• základný výskum v oblasti bioinformatiky proteínov zameraný na teoretické štúdium proteínov na molekulárnej úrovni
• porovnávanie primárnych a terciárnych štruktúr proteínov a vyvodzovanie vzájomných vzťahov medzi ich sekvenciami, štruktúrami a evolúciou, ako aj funkciou, špecificitou a stabilitou
• v centre pozornosti sú amylolytické enzýmy – približne 30 rôznych enzýmových špecificít – klasifikované v databáze CAZy (Carbohydrate-Active enZymes) do alfa-amylázových rodín GH13, GH57, GH119 a GH126
• rovnako intenzívny záujem aj o škrob-viažuce domény z tzv. CAZy CBM rodín
• v spolupráci s experimentálnymi pracoviskami aj proteínové inžinierstvo a dizajn študovaných enzýmov

Členovia skupiny:

• Prof. Ing. Štefan Janeček, DrSc.

Doktorandi:

• Mgr. Michaela Hodorová

Editorské aktivity:

• Amylase – Founder and Editor-in-Chief
• Biologia (section Cellular and Molecular Biology) – Managing Editor
• 3 Biotech – Associate Editor
• Molecules (section Bioorganic Chemistry) – Editorial Board Member
• Enzyme and Microbial Technology – Editorial Board Member

Organizátorská práca:

Založenie tradície a organizovanie série medzinárodných sympózií o amylolytických enzýmoch – ALAMYs – ktoré sa od roku 2001 konajú tradične v trojročných intervaloch na Slovensku na Smolenickom zámku.

Možnosť pridať sa k tímu:

Budúci študent/študentka so záujmom o bakalársky, magisterský a/alebo doktorandský projekt…? Netreba váhať, treba písať na: Stefan.Janecek@ucm.sk. Stačí pár riadkov – vyjadriť jasný záujem o in silico typ výskumnej práce s proteínmi a hlavne motiváciu! Byť pripravený/pripravená: (i) veľa študovať; (ii) neúnavne pracovať; (iii) mať zdravo ambiciózne vedecké ciele; a (iv) učiť sa úprimnej pokore. Spolu vytvárame žičlivú a priateľskú atmosféru v tíme.

Medzinárodná spolupráca:

• Prof. Birte Svensson, Enzyme and Protein Chemistry, Department of Systems Biology, Technical University of Denmark, Kgs. Lyngby, Denmark
• Prof. Marc J.E.C. van der Maarel, Department of Aquatic Biotechnology and Bioproduct Engineering, University of Groningen, Groningen, The Netherlands
• Prof. Bharat K.C. Patel, School of Earth, Environmental & Biological Sciences, Queensland University of Technology, Brisbane, Queensland, Australia
• Dr. E. Ann MacGregor, 2 Nicklaus Green, Livingston, West Lothian, United Kingdom
• Dr. Jean-Luc Da Lage, Laboratoire Évolution, Génomes Comportement, Écologie, CNRS, IRD, Université Paris-Sud, Université Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette, France
• Dr. Paweł Filipkowski, Department of Food Chemistry, Technology and Biotechnology, Faculty of Chemistry, Gdansk University of Technology, Gdansk, Poland
• Dr. Natasa Bozic, Institute of Chemistry, Technology and Metallurgy, University of Belgrade, Belgrade, Serbia
• Dr. Dessy Natalia, Biochemistry Research Division, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Institut Teknologi Bandung, Bandung, Indonesia